O curso de graduação em Engenharia Sanitária da Universidade Federal de Santa Catarina – UFSC foi criado em 1978, como resultado da implementação de politicas publicas, em particular, o PLANASA – Plano Nacional de Saneamento instituído em 1971, considerando as necessidades de formação de recursos humanos especializados na área de Saneamento Básico. Através do PLANASA, foram igualmente criadas as Companhias Estaduais de Saneamento Básico. Além do curso de graduação em Engenharia Sanitária da UFSC, foram implementados cursos nas demais universidades distribuidas geograficamente no país, a saber: Universidade Federal do Pará – UFPa, Universidade Federal da Bahia – UFBa, Universidade Federal de Mato Grosso – Campo Grande.

A partir do desenvolvimento do curso de graduação em Engenharia Sanitária na UFSC, foi criada a coordenadoria do curso de graduação e, posteriormente, em 1986, criado o Departamento de Engenharia Sanitária. Posteriormente, com a apreensão dos conceitos dos programas MaB – Man and Biosphere (UNESCO) relativo ás interações entre o homem e seu meio, degradação ambiental, conservação da natureza e desenvolvimento sustentável, a denominação do curso foi ampliada para Engenharia Sanitára e Ambiental. Com a preocupação do Departamento em proporcionar uma adequada capacitação profissional dos professores para atuar na problemática ambiental regional, iniciou-se em 1986 um plano intensivo de formação de recursos humanos. A partir deste processo, os professores do Departamento iniciaram processo reflexivo e construíram uma proposta de criação do Programa de Pós – Graduação em Engenharia Ambiental, considerando que “toda produção de conhecimento sobre o ambiente deve procurar estar associada a uma formação de recursos humanos e a um esforço de disseminação das informações junto à sociedade”. Estas três funções: produção do conhecimento; formação de recursos humanos e disseminação de informações foram os elementos norteadores para a fundamentação do projeto de criação do Programa de Pós – Graduação em Engenharia Ambiental da UFSC.

Como resultado do plano intensivo de formação de recursos humanos, das reflexões e ações, o Departamento de Engenharia Sanitária e Ambiental implementou a criação do Programa de Pós – Graduação em Engenharia Ambiental, cuja primeira turma em nível de Mestrado, iniciou em março de 1994. O programa de doutoramento em Engenharia Ambiental foi criado, por sua vez, no ano 2001 com uma unica area de concentração e nove linhas de pesquisas, a saber: Gestão Ambiental em Organizações; Gestão de Recursos Hídricos;  Hidrodinâmica e Ecologia de Sistemas Marinhos Costeiros; Hidrologia e Hidráulica Aplicada; Poluição Atmosférica; Remediação de Solos e Águas Subterrâneas; Resíduos Sólidos Urbanos, Industriais e Agrícolas; Toxicologia Ambiental; Tratamento de Águas e Efluentes Domésticos, Industriais e Agropecuários.

Com a implantação do doutorado, o Programa atingiu sua maturidade científica, buscando atender, com melhor excelência, a formação de recursos humanos altamente capacitados. O Programa de Pós – Graduação em Engenharia Ambiental da UFSC, em nível de Mestrado e Doutorado, tem por objetivos produzir conhecimentos sobre as problemáticas ambientais local e regionais, articuladas com a dimensão global e formar recursos humanos de modo a aumentar a disponibilidade de profissionais com capacidade para o tratamento integrado das problemáticas ambientais e humanas. Os diversos grupos de pesquisa, os projetos de pesquisa nacionais e internacionais, as atividades de internacionalização de professores e doutorandos com grupos de pesquisa mundiais, bem como, as publicações de qualidade e excelencia produzidas pelo PPGEA, culminaram em 2017 com a atribuição pela CAPES do conceito 6, considerado assim um programa de excelencia em nível nacional e internacional.

Atualmente, 05 linhas de pesquisa estão implantadas no PPGEA: 1. Governança, Gestão e Avaliação de Impacto Ambiental; 2. Hidrologia, Hidrodinâmica e Recursos Hidricos; 3. Tratamento de Águas, Hidraulica Aplicada e Sistemas de Água e Esgoto; 4. Tratamento de Efluentes e Recuperação de Recursos; 5. Meio Ambiente, Gestão da Poluição e Toxicologia Ambiental.